Non tutti lo sanno ma nella struttura della Chiesa di San Francesco della Vigna c'è una ricorrenza del numero tre. Questa è dovuta a diversi fattori, da un lato c'è il fatto che questo numero era considerato divino, dall'altro, il progetto della chiesa seguiva i principi della cabala musicale pitagorica, fondata sul numero tre, un simbolismo molto comune nell'architettura medievale. 

Costruita a partire dal XIII secolo per opera di Martino da Pisa, e ricostruita nel XVI secolo seguendo il progetto di Francesco Zorzi che modificava quello iniziale di Sansovino, la chiesa di San Francesco della Vigna ha proporzioni regolate dalle norme musicali pitagoriche per riflettere, con la sua struttura, "l'armonia universale". Tutto, in questa chiesa, doveva fondarsi sul numero 3 e i suoi multipli, simbolo della Trinità (padre, figlio e Spirito Santo) ma anche numero delle vibrazioni delle note fondamentali della tradizione pitagorica musicale, cioè Do, Sol, Mi. Erano proprio queste tre, infatti, le note che, nella cabala musicale, e di conseguenza nella planimetria della Chiesa di San Francesco della Vigna, corrispondevano alle figure divine di Spirito Santo (Do, corpo, lunghezza della navata), di Figlio ( Mi, l'anima, larghezza delle cappelle laterali) e di Padre (Sol, lo spirito, l'altezza della cappella dietro il coro). 

La lunghezza della chiesa, infatti, doveva essere di 3 volte la sua larghezzza (27 piedi di lunghezza, 3x9 e 9 di larghezza, 3x3). Le cappelle laterali dovevano, secondo la stessa teoria, rispettare la larghezza di 3 piedi, mentre quella dietro l'altare di 6 per 9 di lunghezza. 

Inoltre, per l'architetto della chiesa di San Francesco della Vigna, erano fondamentali, oltre al numero 3, anche i rapporti delle dimensioni della chiesa che dovevano corrispondere agli intervalli musicali pitagorici e questo edificio religioso, tra i più affascinanti di Venezia, segue proprio questa simbologia numerica.